Rodríguez Orejuela, conocido con el alias de "El Ajedrecista", tenía varios quebrantos de salud y un infarto causó su deceso.
Gilberto Rodríguez fue detenido por las autoridades el 9 de junio de 1995, en Cali, en una acción ordenada por el entonces presidente Ernesto Samper, cuya presidencia estuvo afectada por señalamientos que vinculaban la campaña del mandatario con "dineros calientes" donados por el Cártel de Cali, escándalo conocido como el "Proceso 8.000".
Tras su captura Rodríguez Orejuela fue sentenciado a quince años de prisión, pena que sufrió una reducción por confesión y buena conducta.
Para el año 2004 el capo fue extraditado a los Estados Unidos y tras un juicio fue condenado a 30 años de prisión en el complejo correccional federal Butner (Carolina del Norte).